兰达约的方式，把背景放置到了当代佛罗伦萨人的生活中。那幅主要壁画描绘的是个孩子神奇地恢复了健康，背景恰好就是圣特里尼塔广场。壁画是从广场北面的角度看过去的，它展示了右面的教堂不过已经没有16世纪晚期时候的正墙了，背景中部渐渐模糊的圣特里尼塔桥的轮廓线，还有左面的斯皮尼宫殿。两面可以看见的墙北面西面的墙之间没有类似凉廊的东西，这样就印证了常识无论如何都会暗示的内容。也就是说，凉廊在俯瞰着河水的南面。440 这样，我们就可以把列奥纳多和米开朗基罗激烈争论的地点精确 定位在座小桥如今是个漂亮时尚市场稍微靠东的纵梁上。
这也几乎很能显示个人特点：不善言辞的列奥纳多友好地拒绝对但丁的文章随便发表意见；暴躁过分的米开朗基罗对这件本不值得提的小事的反应却是勃然大怒正如这个故事所提到的，列奥纳多的话语中不包含任何意图，除非这话语中带有丝讽刺，仿佛在说“米开朗基罗来了，他什么都知道”。。米开朗基罗突然离去“ r”照字面意思来说是“他转过身去”让列奥纳多时哑口无言，非常尴尬，且极为恼怒：“r r r”是说他变得满脸通红。列奥纳多本质上是细心体贴的，而米开朗基罗则是冒昧无礼的。
在安诺尼莫手稿接下来的张纸上，在探讨了米开朗基罗作为解剖学家的技艺这样段离题的文字后，又出现了个说明米开朗基罗对列奥纳多持有嘲讽态度的例子：“又有次， 米开朗基罗想要伤害“rr”确切地来说是“咬”的意思列奥纳多，所以他就对列奥纳多说，那些愚蠢的米兰人真相信你的话” “ ' ”表面上说的是“米兰的那些大人物”，但“”却带有糊涂固执的色彩而不是自夸的意思。如果这个报道是真实的，那么它的确表明了米开朗基罗对列奥纳多满怀嘲讽厌恶。
这段文字中没有线索暗示在圣特里尼塔的这段插曲发生的日子。这件事情可能发生在1501年初米开朗基罗从罗马归来之后和1502年夏天之间列奥纳多离开佛罗伦萨去和波几亚呆在起，或者是1503年3月列奥纳多返回佛罗伦萨和1505年初米开朗基罗动身前往罗马之间。这两起羞辱事件都提到了列奥纳多未能铸造出斯福尔扎骑士像，这可能暗示了较早的日期。但若放置到大卫雕像委员会的背景下，这同样是恰当的列奥纳多对这尊雕像不以为然的态度让人想起了这次恶言谩骂，米开朗基罗声称列奥纳多本人在铸造大型雕像方面没有获得成功。这次争吵也可能发生在1504年早期1504年的春天，也许那时天气已经很暖和了，人们在凉廊里懒洋洋地坐着，讨论着但丁的作品。在这段文字中，同样出自“”或“加文”，关于安加利之战壁画的些评论的时间则要早于这段插曲发生的日期。
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米开朗基罗3
正是在这激烈对抗的背景下，执政团偶然想起了这个主意，即让米开朗基罗在议会大厅中绘制另幅表现战争的场景，以与列奥纳多的壁画交相辉映或相互竞争。正如米开朗基罗本人后来所说的，“他开始在议会大厅半的空间中创作作品”。米开朗基罗绘画的主题是卡西诺战争，这是在佛罗伦萨和比萨之间较早爆发的战争的部分。份注有1504年9月22日的文件最早暗示了米开朗基罗曾卷入其中。在该文件中，米开朗基罗被授权可以自由使用间很大的画室位于迪圣奥诺弗雷里奥医院的那个大厅。这于10月29日得到了批准。瓦萨里这样描写道：
他开始创作幅巨大的草图，拒绝让任何人看到。他在草图上画满了捰体的男子，这些男子由于天热在亚诺河里洗澡。因为敌人突袭，军营中响起了警报，战士们冲出河水穿衣服，这时米开朗基罗颇具灵感的妙手开始描绘他们士兵罕见的姿势各个不同。有些直立，有些跪着或斜着身子，有些身子在两个位置中间，所有的人都展示了种最难的透视缩短的技巧
第二年2月，米开朗基罗“因为创作这幅草图付出的劳动”从德拉西纳里亚宫殿领到了280里拉的报酬。当时，这相当于40弗罗林。我们无法精确地知道绘制这幅草图花了多少时间，但这与列奥纳多每月15弗罗林的薪俸相比似乎较为有利。到那时，米开朗基罗的草图可能已经完工了。瓦萨里写道，“看到草图时，所有其他艺术家都被征服了，心中又是羡慕又是震惊。”此后不久，米开朗基罗动身前往罗马，以商讨修建尤里乌斯二世那命运多舛的坟墓。米开朗基罗似乎没有在议会大厅的项目中采取进步行动，也没有证据表明他曾开始绘制这幅壁画。草图本身遗失了，但幅精美的临摹品却在莱斯特伯爵以前的别墅诺福克大厅中保存了下来。直到20世纪80年代，人们才在列奥纳多笔记的发源地莱斯特抄本中发现了这幅草图。
列奥纳多如何看待这次挑战或入侵没有文字记载，但他却似乎在1504年9月或10月初离开了佛罗伦萨。虽然可能有其它原因导致了列奥纳多的离去，但这与委托米开朗基罗“在议会大厅半的空间中创作作品”的时间恰好致。从部分来看，这或许是从这幕场景中次恼怒的撤离退席。这时，列奥纳多已经完成了草图，或许就是在7月底，这是他留有记录的领取报酬的最后日子。直到了1505年最初的几个星期，列奥纳多才在韦奇罗宫开始创作。对抗并非列奥纳多的本性，所以他就逃避了这次冲突。这样，文艺复兴时期的两位巨人间的冲突就开始了：米开朗基罗等在门口，准备决斗，但房内却空无人。
大约就在这时，列奥纳多写了篇短文，批评那些过于夸张地展示肌肉发达的躯体的绘画作品：“你不该让躯体所有的肌肉过于明显，除非肌肉所属的四肢正在运用很大力量或在劳作要是你定这么做，你创作出来的是袋核桃而不是人体轮廓。”这完全可能是在挖苦米开朗基罗创作的卡西诺战争草图中那些肌肉突出的人物。列奥纳多在另外个笔记本中重复了相同的观点：人体不应该被描绘得看起来好像“捆萝卜”或“袋核桃”。我们可以想象，他这么说的时候面无表情，引得众人哈哈大笑，这就是他的武器。作为贬低对方的方式，这比米开朗基罗那天在圣特里尼塔桥直接羞辱他效果要好得多。
尽管如此，列奥纳多日后的解剖图样却清楚无疑地显示出受了米开朗基罗的影响。温莎皇家图书馆珍藏有份看起来非常类似大卫的小型素描，借用艺术的行话来说，它叫做“大卫之后”。 这是列奥纳多显然借鉴了同时代人的艺术品并得以流传下来的惟幅素描。虽然两人相互挖苦，相互怨恨，但最重要的点还是要归结到那条古老的艺术规则：我能从他那里学到什么
兄弟交恶1
列奥纳多回到了佛罗伦萨，原因是他叔叔弗朗切斯科1507年早些时候过世了，或更确切地来说是弗朗切斯科留下了份遗嘱。正如我们知道的，这份遗嘱拟订于1504年，也就是说在塞尔皮耶罗去世之后不久弗朗切斯科就立下了遗嘱。遗嘱指定列奥纳多是惟继承人，这几乎是针对列奥纳多被排除在父亲的遗嘱之外做出的反应。弗朗切斯科性格随和，列奥纳多和这位叔叔关系直非常密切。列奥纳多小的时候，这位叔叔住在乡下。但这遗嘱却违背了份较早的约定，即弗朗切斯科的财产应由塞尔皮耶罗的合法后裔继承。这新代在他们当仁不让的公证人塞尔朱利亚诺的带领下，迅速向这份遗嘱提出质疑。1507年6月，列奥纳多可能听说了此事，因为7月5日，列奥纳多的个徒工或许就是洛伦佐写了封家书给母亲。这徒工在信中说他很快会随同大师返回佛罗伦萨，但在那里呆的时间不会很长，因为他们必须 “马上” 赶回米兰。同时，他在信中还说道，“请代我向迪亚妮拉问好，拥抱她，这样她就不会抱怨我忘了她”。
但结果却是，列奥纳多最少直到8月中旬才离开米兰。在此期间的7月26日，他取得了与兄弟们进行的诉讼案的第张王牌。这是封法国国王署名写给执政团的信件，信件请求执政团本着对列奥纳多有利的原则介入其中。在信中，列奥纳多被称作国王的“常任画家兼工程师”。这是关于列奥纳多在法国宫廷中所占地位的最早文件。另外还有封给执政团的信，这次是查尔斯德安布瓦斯写的，日期是8月15日。信件声称列奥纳多马上就要返回佛罗伦萨“去解决些他与兄弟之间产生的分歧”，并请求执政团尽快办完此事。列奥纳多离开的要求被“百个不情愿地”批准了，因为他那时正在创作幅“国王非常喜欢的绘画”。在1508年初的封信中，列奥纳多曾提到“为我们最信奉基督教义的国王绘制了两幅大小不同的圣母画像”，其中的幅可能指的就是此画这些作品遗失了。不过它也可能指的是同样属于大胆构思的丽达，后者日后被编入法国收藏的目录之中。
9月18日，列奥纳多从佛罗伦萨写了封信给伊莎贝拉的弟弟，也就是红衣主教伊波利塔德斯特，从这封信中我们了解到与这桩案件有关的些细节。案件涉及的人员在执政团的成员塞尔拉斐尔希耶罗尼莫面前“进行了论辩”。塞尔拉斐尔被行政长官索代里尼专门派来审理这起案子。他要在“万圣节之前”，即1507年11月“做出宣判”。看来好像伊波利塔德斯特认识塞尔拉斐尔他或许是德斯特在佛罗伦萨的位“代理人”。因此，这封信请求伊波利塔“给提到的那个塞尔拉斐尔用大人您擅长的那种极为聪明循循善诱的语气写信，向他推荐您最忠诚现在如此，将来也会总是这样的仆人列奥纳多达芬奇，请求并促使他不仅要对我公正，审理案件时尽可能不要耽搁”。
这是我们已知的列奥纳多惟寄出的信件。列奥纳多所有其它信件只以草稿的形式保存在文件中，但这封信却摆放在摩德纳斯特家族的档案中，可以看得见，触摸得到。不过不幸的是，信件的内容和署名都不是出自列奥纳多之手。如同在其它正规文件给卢科斯福尔扎的介绍信中样，列奥纳多总是让书法较好的人代笔。这封信是列奥纳多让马基亚弗利的助手阿戈斯蒂诺迪韦斯普奇写成的，阿戈斯蒂诺此前曾详细描述过安加利之战的基本内容。列奥纳多对这封信件惟改动的地方是在信的反面：那显示了个侧面头像的蜡制印章可能就是戴在列奥纳多手上的图章戒指的印痕。
另外封书信的草稿则表明列奥纳多与其同父异母兄弟间关系紧张。据说，列奥纳多的同父异母兄弟希望弗朗切斯科有生之年会遭到“最大不幸”，他们对待列奥纳多的态度“不像是兄弟倒完全像是陌生人”。这部分地与弗朗切斯科遗赠给列奥纳多处被称作采石场的资产有关。列奥纳多如此写道:“你不想他买采石场时借的钱再还给他自己的继承人吧。”这就暗示了他曾借钱给弗朗切斯科来购买资产或扩大资产的价值。
在写给伊波利塔德斯特的信中，列奥纳多声称这起官司到1507年11月就结束了，但情况并非如此。1508年早些时候，列奥纳多写信给查尔斯德安布瓦斯，“我和我兄弟之间的诉讼案快要结束了，请相信这个复活节我就会和您在起的。”1508年的复活节是4月23日。也许那时左右他回到了米兰，不过这起诉讼案是否成功地解决了却是另外回事，因为另封内容更加翔实的信在梅尔兹手中，信件是在列奥纳多返回米兰之后写成的。
在佛罗伦萨时，列奥纳多和萨莱可能是洛伦佐住在位富裕的知识分子兼艺术家的庇护人皮耶罗迪布拉乔马尔泰利家中。马尔泰利是位著名的数学家语言学家，他是贝尔纳多卢切拉伊的朋友。马尔泰利府中自由宽松的氛围至少部分消除了这起令人不快的诉讼案带来的影响。马尔泰利府邸位于拉加大街，后来被建于16世纪50年代的圣焦万尼诺教堂和女修道院吞并了。和列奥纳多同时做客或寄宿的还有雕塑家乔瓦尼弗朗切斯科鲁斯蒂奇，列奥纳多似乎很喜欢他。鲁斯蒂奇当时三十岁左右，是列奥纳多年纪的半大。瓦萨里对鲁斯蒂奇曾有过段生动有趣的记录。鲁斯蒂奇是名才华横溢的雕塑家，还是位“业余炼金术士，偶尔还做做巫师”，这使他听起来有点像索罗阿斯特罗。鲁斯蒂奇的同伴中有年轻的安德烈亚德尔萨尔托，这位优秀画家的创作深受列奥纳多风格的影响。德尔萨尔托后来成了瓦萨里的老师，这就表明瓦萨里关于鲁斯蒂奇的信息可能是确凿的。瓦萨里提到鲁斯蒂奇的画室说，“它看起来好像诺亚方舟里面有只鹰只能像人类样说话的乌鸦，还有训练得像狗样的几条蛇和只豪猪，它们有个恼人的习惯，在桌子底下扎别人的腿。”我不由想到了这样幅画面：列奥纳多弯着身子，对着这只“能像人类样说话”的乌鸦八哥在亲密交谈。他有多少问题想问这只乌鸦呀
兄弟交恶2
根据瓦萨里的说法，列奥纳多与鲁斯蒂奇友谊的结晶正是群雕圣约翰向利未人和法利赛人布道，这组群雕位于大教堂对面洗礼堂的东门口上面。“他鲁斯蒂奇创作这组群像时，除了列奥纳多之外，他不允许任何人靠近他，也不让人走到那雕刻的场地中。”这位左手挥动的人物直被比作博士来拜中那位沉思冥想的老人。虽然是以鲁斯蒂奇纯熟的风格创作的，圣约翰的只手却指向空中，这姿势是个标志性的动作。
在诉讼案漫长的间歇期间，列奥纳多在马尔泰利府中开始整理自己的草稿，这记录在了阿伦德尔抄本的第张对折纸上：
1508年3月22日始于佛罗伦萨的彼得罗迪布拉乔马尔泰利府中。这本集子毫无秩序，由我抄写的许多纸张组成。我日后打算根据这些纸张的主题，把它们放在适当的位置，使其变得井井有条。
阿伦德尔抄本本身并不是“文集”，它现在或许在16世纪90年代由蓬佩奥莱奥尼装订成册依然极其混杂。只有前三十页对折纸与最初的描述相吻合：纸张墨迹字体和主题主要是物理学和力学都是统的，抄写日期大概恰好就是1508年春天的这个时候。但即使在列奥纳多刚开始动手时，对手稿进行整理和分类的任务就突然显得让人畏缩不前了：
恐怕还没来得及完成，我就会重复已经重复了几次的事情，读者们，这不要怪我，因为文集涉及的主题太多，我无法完全记住。哎呀，我不写是因为我已经写过了。为了避免这点，对于我想要抄写的每段文字，很有必要浏览下我已经做过的切，以便不要再重复了。
文字笨拙是列奥纳多给人们留下的印象。列奥纳多已经从新圣母玛利亚医院那里重新得到了这些资料，他1506年离开时曾把资料藏在那里。这些资料现在堆积马尔泰利府中列奥纳多的桌上。这些资料虽然珍贵，却非常杂乱。另外则记录使我们注意到这些资料容易丢失，遭到毁坏：“明天查看所有的主题，把它们抄写下来，然后划掉那些原始材料，把它们留在佛罗伦萨。这样要是你随身携带的资料遗失了，这份成果也不会丢失。”
也正是在这时，列奥纳多开始编辑那写得密密麻麻的莱斯特抄本这是以抄本18世纪的所有人莱斯特伯爵托马斯科克的名字命名的，抄本现在归微软公司的百万富翁比尔盖茨所有。莱斯特抄本是列奥纳多所有笔记中标准最为统的，虽然标注的完成日期为1507－1510年，它却给人种前后连贯，甚至是愚顽不化的感觉。抄本的笔迹小而整齐，草图都被挤到了书页的边缘地带，这容易造成近视的印象却掩饰了抄本五花八门的主题。莱斯特抄本与我们今天称之为地球物理学的东西有关，因为它研究了世界基本的自然结构，详细分析了宏观世界，拆除了陆生躯体的可移动部分。这就导向了纯物理学的领域引力动力还有震动和关于化石的激烈讨论。列奥纳多对月球的发光产生了疑问：这表示月球是由如同水晶或斑岩的反射材料组成的还是月球表面覆盖着波浪状的水呢如果月亮的盈亏是由地球的阴影引起的，那为什么在新月阶段会隐约看到月球的其它部分呢在后种情况中，列奥纳多正确推断出了这些次要的光线是从地球反射过来的，这比开普勒的老师迈克尔马斯特林的发现早了几十年。
在现代科学中，莱斯特抄本并不是本开天辟地的著作。莱斯特抄本的宇宙哲学论主要是中世纪的学说，因为它的研究是为了宏观的和谐和潜在的几何学上的对称。莱斯特抄本中最著名的段落是关于地球和人体之间成不变的诗性类比：
我们可以说地球是有生命的，它的肉体就是土壤，骨头就是连续的岩层，软骨就是石灰华，血液是河流的经脉。位于心脏附近的血湖就是海洋。地球的呼吸就是脉冲血液的涨涨落落，即使如此在地球中还有海洋的退潮和泛滥。
从这些方面来看，莱斯特抄本更像是本哲学著作，而不是科学书籍，但哲学总是处于不断审视之下。在想象和实际之间总是存在着典型的列奥纳多式的调节，这是两者之间的场对话。列奥纳多苦苦思索着古人的宇宙理论，使它们经受“经验”的检验。列奥纳多研究植物叶子上露珠的表面张力，以便他可以了解关于“普遍水体”的更多知识。而在“普遍水体”中，根据亚里士多德的说法，宇宙是封闭起来的。列奥纳多建造了个四周带有玻璃的储水池，这样他就可以观察水流和泥土的微型模拟沉淀了。列奥纳多的场关于大气效应的讨论还利用了他从阿尔卑斯山的玫瑰峰观察到的资料：“正如我曾看到的。”
列奥纳多的有些试验可能与他在佛罗伦萨的这几个月有着密切关系。两幅显示水流的草图标有鲁巴孔塔桥的字样，这是旧桥下游阿勒格拉齐桥的另个名称。在大西洋抄本的篇文章中，列奥纳多记录道:“写到在水下游泳，你会有种鸟儿在空中飞翔的感觉。这里有个好地方，磨坊的水在那里流进了亚诺河，形成了鲁巴孔塔瀑布。”这些“瀑布”就是拦河坝：1472年画有船夫和渔民的佛罗伦萨“连锁地图”上就显示了拦河坝，这座大坝现在仍然屹立在那里。
解剖1
列奥纳多在1508年头几个月的生活正如结果显示的那样，最后个月他是在佛罗伦萨度过的似乎奇怪地与抄写有了瓜葛，人们甚至会说这如同公证人的日子般。列奥纳多坐下来写作时，他那位于拉加大街的小书斋里成堆的文件好像要把他变成矮子样。他的肩膀弯成了弧形，胡子变得有点灰白，视力给他造成了极大麻烦。这时期列奥纳多从事过些我们近乎无所知的艺术活动为路易国王绘制“尺寸不的两幅圣母画像”；直创作并修改蒙娜丽莎；对鲁斯蒂奇西礼堂群雕提出建议；或许还有最后润饰安加利之战的巨幅片断不过这却没有相关记载，也没有他与行政长官的来往要是有的话的记录。列奥纳多丢弃了这些关系，就像他放弃那些绘画那样容易。精神病学家可能会说，这是列奥纳多从其父那里学来的门技艺。
或许，列奥纳多在佛罗伦萨最后几个月进行最为重要的项活动时，手中拿的不是钢笔或画刷，而是把解剖刀，这活动为广受重视的调查研究揭开了崭新的章。在1507年晚期或1508年早期份著名的备忘录中，列奥纳多记下了他对位老人尸体的解剖过程：
这位老人在去世之前几个小时告诉我，他活了百多岁，除了身体虚弱之外没有感到其它毛病。坐在佛罗伦萨新圣母玛利亚医院的病床上，他没有任何痛苦的动作或迹象就离开了人世。我对尸体进行了解剖，以查明是什么造成了这种甜蜜的死亡。
也正是在这时，列奥纳多解剖了个两岁儿童的尸体，“我在其中发现了与那位老人尸体恰好相反的切”。
列奥纳多现在主要对血管系统产生了兴趣。在张绘有胳膊表层血管的草图中，他注明了那位“老人”与“孩子”之间静脉和动脉的差异。列奥纳多怀疑老人停止呼吸是因为“动脉缺乏滋养心脏及其下层组织的血液，从而引起身体虚弱所致”。他发现动脉“又干又窄，有些干瘪”，“除了血管壁变厚之外，脉管变长了，像蛇样扭曲着”。列奥纳多还注意到肝脏因为失去了充分的血液供应，“颜色和成分都如同凝固的麸皮样干枯了”；那位老人的皮肤“颜色像木头或干栗子样，因为皮肤几乎完全失去了滋养”。在相关的页上，列奥纳多还讨论了心脏和肝脏究竟哪个是血管系统的主要器官，并最终断定心脏是主要器官认同亚里士多德的观点，反对伽林的看法，他把心脏比作了“血管图”从中孕育成长的桃子硬核。
这些语言蛇，麸皮，木头，栗子还有桃核非常符合实际生活，如同教材般，这与列奥纳多在15世纪80年代后期较早的解剖学著作中采用的更加抽象的语言形成了鲜明对比。当时列奥纳多在解剖上主要关注官能“主要活力”的输送以及其它中世纪的假设。列奥纳多在1508年晚些时候写成了本论述光学的小册子现在的巴黎手稿，我们从中可以发现偏离形而上的类似迹象。这本小册子强调了眼睛在本质上易于接收外界事物，还有不存在从眼睛发射出来任何无形或“心灵”的光线传统模式认为感觉就是以这种方式具有前摄性的。正如列奥纳多喜欢诉说的那样，眼睛可能是“心灵的窗户”，但它同时也是台微型机器，其运转部分必定要被分解或被人了解。
在1508－1509年这同时期，列奥纳多还绘制了些与肺脏及腹部器官有关的漂亮图表。画的或许是猪的器官，图表再度伴有和植物进行的类比。这些图表说明，列奥纳多当时是如何同显示解剖的问题苦苦进行着抗争，他在积极寻求种能把表面细节和透明性结合起来的绘图技巧。瓦萨里记载了与列奥纳多有关的段轶事，说他把猪内脏充满了气，直到内脏挤满了房间。这个插曲就是列奥纳多解剖猪的个恐怖注解。列奥纳多喜欢让人感到惊慌不安，这是他性格中戏剧性的面。
此时还出现了幅画有女人扩大的阴沪的素描。即使这幅素描表现的是胎多子或产后的妇女，那生殖器还是不切实际得如同洞岤般。 我很想把这奇怪的夸大和列奥纳多关于“洞岤”的早期文本联系起来，并借此说明，列奥纳多对探究“危险黑洞” 表现出了恐惧，这恐惧的部分是和女性性征那令人烦扰的秘密相冲突的。根据弗洛伊德的解释，在洞岤之内可以瞥见的“奇物”是关于生殖和出生的秘密。然而，在这素描下面的注解中，列奥纳多却满足于个更加简洁的象征：“阴沪边上的褶皱告诉了我们城堡守门人的位置。”把女性生殖器设想为个“城堡”或“要塞”，要遭到坚持不懈的男性包围和攻破，这在爱情诗中司空见惯。
在相关的纸上还有幅草图，画的是位站立的女性显示自己怀孕早期时候的芓宫，还有几幅男性和女性生殖器的素描，幅奶牛内怀胎儿的芓宫习作，还有份奶牛胎盘的局部图，列奥纳多将胎盘组织描述成了“如同粘附物样交织在起”。这些关于繁殖的习作似乎与列奥纳多在1508－1509年间创作的丽达的生殖主题有着某种联系，因为这位孕妇的轮廓在视觉上重复了丽达的形象。纸张精美的反面是嘴巴及其肌肉的习作，其中那些幽灵般的嘴唇似乎以柴郡猫般的风格从蒙娜丽莎的脸庞漂流而来。
关于“那位老人”的这些注解写于1507年晚期或1508年早期，它们最早明确指出了列奥纳多曾亲自进行过次人体解剖。但或许以前他就解剖过其它尸体了，因为在另张谈论解剖的纸张1508年上，列奥纳多声称他曾亲自解剖过肢解成碎块“十多具人尸”。为了“正确完美地了解”人体血管，列奥纳多已经“把这些血管周围的人肉去除得丝毫不剩，除了毛细血管滴几乎看不见的流血之外。这几乎没有引起任何流血”。列奥纳多还记录了在冷冻出现之前解剖尸体时的程序问题：“由于具尸体持续的时间不长，因此很有必要接连使用几具尸体，以便可以得出关于血管的完整结论。为了发现其中的差异，这个过程我重复了两次。”列奥纳多描述了这项任务的挑战性和由此带来的真正恐惧。“你们”即将成为解剖学家的读者们“可能会因为肚子的隆起而打退堂鼓”。
解剖2
正如解剖“那位老人”和“孩子”的尸体样，有些解剖显然是在新圣母玛利亚医院进行的。列奥纳多很熟悉这个地方，那是他的储藏室，偶尔也用作仓库。列奥纳多这么做肯定得到了某种官方的许可1506年，即使佛罗伦萨画室中的“医生和学者”在圣克罗切进行公共解剖之前，也必须得到官员允许但看来好像列奥纳多完成的这些解剖并非都是在那里进行的。列奥纳多充满感情地谈到了“午夜时候的恐惧，因为身边都是些经过肢解和剥皮的死人，看了不禁令人毛骨悚然”。列奥纳多或许对尸体解剖进行了夸大，但其中的弦外之音在于他是在自己的寓所或画室内进行解剖的，因此才产生了他在尸体陪伴于身边时度过黑夜的那种恐惧。要是他在新圣母玛利亚医院解剖尸体，就不会感到恐惧了。
尸体解剖当时仍然存在争议。得到特许去进行解剖是可以的，但解剖仍然是项可疑的活动，其周围聚集着大量的谣言和迷信这就暗示了它是种“妖术”，迷信以及中世纪魔法的混合物。经常使用绞刑架下的尸体更加让人不寒而栗。列奥纳多急于使自己摆脱这些东西，这就是为什么他在描述尸体解剖的文章中也英勇地攻击了那些招摇撞骗的术士：
自然会替自身向那些希望实现奇迹的人们报仇因为他们总是生活在最可怕的贫穷之中。对于那些力图制造金子和银子的炼金术士，那些希望从死水中创造出永不停歇的能量的工程师们，那些在所有人中最为愚蠢的巫师和魔术师来说，情况现在如此，将来也永远都是如此。
列奥纳多后来在罗马时，从事的研究使他与教会产生了冲突。个幸灾乐祸的人把列奥纳多的活动向教皇作了汇报，结果列奥纳多被“禁止进行尸体解剖”。随着反宗教改革的进行，这样的态度强硬起来。半个世纪之后，比利时伟大的解剖学家，也就是解剖学的作者安德烈亚斯维萨里因为“掘墓盗尸”和进行解剖被宗教裁判所判为死刑。判决后来改为让维萨里到耶路撒冷朝圣，但他在回来的途中就过世了，享年五十岁。
当列奥纳多谈到他在几具尸体的包围下度过夜晚时，我们得到点暗示，他在紧闭的门后偷偷进行尸体解剖，这带有点离经叛道的色彩。对列奥纳多来说，调查的需要总比个人舒适和教义安全的需要来得强烈。
艺术家六十岁时的肖像1
在阿达河岸隐居这段期间，列奥纳多1512年4月15日步入了耳顺之年。温莎皇家图书馆珍藏的幅著名素描大约就是这时创作的，因为它反面含有与梅尔兹府邸相关的建筑图样。 这幅素描画的是个侧着身子的长胡子老人，他双腿交叉坐在石头上，只手靠在高高的拐杖上。他看起来非常疲惫，陷入了沉思冥想之中。他身后是些漩涡，你时可能会认为这位老者正在凝视着这些漩涡。然而这只是种假象，因为纸上有道明显的折痕。显然，这位老人的肖像和关于河水的这幅习作可能是在不同场合绘制的截然不同的作品。虽然如此，不管是有意还是偶然为之，展开这页纸时，我们却发现这两幅素描组成了统的布局，形成了个引人发笑格调阴暗的构思。这两幅素描成了个谜团，是什么造成了这位老人和潺潺流水的结合呢他是眼睛朝下凝视着河水还是他在心灵的眼睛中看到了河水呢河水习作下面的文字清楚阐明了水流和编成辫子的头发之间的视觉比较“仔细观察河水的螺旋运动，它和头发的形状多么相像”要是存在某种观点，这观点就解释了这位老人在沉思中想起了过去的私情。这些头发看起来宛如丽达素描中那绺绺的头发，所以令人着迷的克雷莫纳斯悄悄进入了这幅框架中，但人们同时也想起了列奥纳多“宠爱”的萨莱十几岁时的短发。
这都是阐释玩弄的花样，但却并非毫无疑义，因为偶然的图像并置强调了些在老人身上已经存在的特征：丝怀旧的气息还有听天由命的回忆。列奥纳多喜欢运用想象的力量从无序杂乱中创造出意义他曾写道，自己把墙上的斑点看做美丽的风景所以即使不是刻意去做，他也肯定会在“展开的”的纸上注意到这幅“被人发现”的图像。
有时人们会说，这位老人就是列奥纳多的自画像，但这却导致了个错误的结论。列奥纳多已经六十或六十岁，他年纪太大了不可能如此准确地创作出幅自画像。列奥纳多此时已经近似于都灵自画象这可能在艺术家生命的最后几年创作的中那个圣徒般的形象，不过他却丝毫没有这幅画像中高贵的仪态。正如肯尼斯克拉克所言，这是列奥纳多自己创作的幅漫画而不是自画像：他悲哀地把自己刻画成了个年老衰弱梦想破灭处于社会边缘的人物。
有三幅肖像自称向我们展示了列奥纳多六十岁左右时的真正形象，这三幅肖像都出自学生之手。其中两幅珍藏于温莎皇家图书馆，第三幅来自张绘画。我们在这里把它作为列奥纳多的真正类似物首次提出来。
那幅著名的漂亮侧面肖像用红粉笔创作，下面用优雅的现代字母刻着“列奥纳多达芬奇”被认为是“流传下来的最为客观精确的肖像”，它成了16世纪中期列奥纳多标准形象例如，在瓦萨里以及焦维奥使用的木刻画中的原型。这幅肖像似乎真是弗朗切斯科梅尔兹的作品。这幅技艺非常娴熟的素描，几乎可以肯定地说要晚于梅尔兹在16世纪10年代中期创作的那些最早的草图。画面上波浪般的长发垂落下来，这表明头发非常平直，但现在很明显头发成了灰白或银白色。不过人们并不清楚这点，因为粉笔是红色的，但这就是他给人留下的印象。正如胡须非常浓密样，画中人物仍然显得慷慨大度，精力充沛。这幅造型出色的侧面像既显示了丝优雅，又透露着定力量。画中人物鼻子很长，眼神平和，嘴唇略微有点阴柔的色彩，胡子梳理得非常整洁。这幅肖像中的男子年轻时曾经非常漂亮正像早期的列奥纳多记录所认为的，现在依然英俊逼人。我认为这就是列奥纳多六十左右时的肖像，是由梅尔兹于1512年或1513年在瓦普里奥德阿达创作的。为了收藏方便，温莎皇家图书馆对这页素描的周边进行了修剪，纸张的反面有迹象表明这幅素描曾被固定在支撑物上。这很可能是瓦萨里1566年在瓦普里奥拜访梅尔兹时看到的那幅肖像。瓦萨里写道，“弗朗切斯科非常珍惜这些文件还有那幅能带来幸福回忆的艺术家肖像，并把它们保存了下来。他把它们当做了列奥纳多的遗物。”
有幅小型钢笔画草图虽然知名度略低，但却更加难以理解，这草图出现在了张绘有马腿的习作纸上。这几乎可以肯定地说是列奥纳多的某位学生创作的肖像画影线是用右手描绘的，所以这不是自画像。人物脸庞有四分之三偏向左侧，但其面部特征却酷似那些红粉笔侧面像中的容貌。这些描绘马腿的习作可能与列奥纳多在1508－1511年间制作的特里武尔齐奥纪念碑有关。这幅肖像草图以另外种方式源于这些马儿的习作，不过在纸张上最初却无法辨认出来。比起在梅尔兹侧面像中的样子，列奥纳多看起来年轻了两岁，所以说这幅肖像画创作于1510年左右是可信的。有趣的是，这幅草图画的列奥纳多戴着顶帽子，这至少从横过人物前额的波形线条和右脸颊之外交叉图线的阴影可以暗示出来。不过16世纪时列奥纳多的大多数肖像虽然无疑根据梅尔兹创作的那幅侧面肖像绘制的却显示了大师戴着顶帽子。在瓦萨里列奥纳多传记的木版画肖像中，列奥纳多戴着个有耳扇的法冠，这法冠或许就是温莎皇家图书馆的草图暗示的那种头饰。列奥纳多“形象”的点点滴滴可能来自那幅遗失的肖像素描，其中这份温莎皇家图书馆草图成了份残留的纪念品。
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艺术家六十岁时的肖像2
我当然怀疑是否有其它素描存在：它刻画的列奥纳多容貌特征恰好与温莎皇家图书馆珍藏的草图上大师的相貌相反也就是人物的脸庞有四分之三偏向右侧。只要在这张纸的另面简单地描摹温莎皇家图书馆草图的复制品，我们就可以重新勾勒出列奥纳多的肖像。学生经常采用反面临摹和镜像的方式，这样幅素描就产生了两个模型。我们在列奥纳多本人的素描中经常可以看到这种技巧。这幅颠倒过来的素描藏于温莎皇家图书馆没有遗失，其特征在列奥纳多的学生米兰人乔瓦尼彼得罗里佐利或贾姆彼得利诺创作的幅素描中留有胡子的圣哲罗姆身上得以精确保存下来。除了人物有四分之三侧面偏向了相反方向之外，这个哲罗姆在每方面鼻子的线条郁郁寡欢的眼神，甚至还有帽子习惯上圣哲罗姆戴着主教帽子的线条和头巾都类似温莎皇家图书馆珍藏的草图中的列奥纳多的形象。
这幅作品就是祭坛画圣母子与圣哲罗姆及施洗者约翰，由贾姆彼得利诺于1515年绘制。它是哲罗米德为伦巴底的洛迪附近的洛迪吉诺教堂定做的，现在仍然悬挂在那座教堂里面。正如贾姆彼得利诺的所有作品样，这祭坛画显然也受到了列奥纳多的影响：玩弄着羔羊的婴儿基督来自藏于卢浮宫的圣母子与圣安娜，圣母玛利亚的脸则密切模仿了伦敦珍藏的岩间圣母。这两个都是列奥纳多第二次呆在米兰时候的产物，当时贾姆彼得利诺加入了列奥纳多的画
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